口腔細菌学（こうくうさいきんがく、Department of Oral Microbiology）とは、歯学の専門分野で、主に口腔内（歯髄含む）における微生物及び生態防御機構を取り扱う学問である。元々、口腔細菌学は歯学（歯科学）の一学問として確立され、高度経済成長時には社会的にう蝕（虫歯）が社会問題となったことから、う蝕研究が中心的になされてきたが、現在では、細菌学の領域に留まることなく広く微生物学分野にその研究対象が広がっている。 その為、研究名称では、「細菌学」となると、ウイルス学等が含まれない為、広く微生物（細菌・ウイルス・原虫・クラミジア、リケッチアなど）を対象にした口腔微生物学や病原菌を対象にした口腔病原菌学、口腔感染防御学などと呼称することが多い。
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